Alfred Dreyfust 1894. október 15-én hazaárulás vádjával letartóztatták.
1895. január 5-én megalázó módon megfosztották katonai rangjától, majd január 15-én az Ördög-szigeten (Cayenne, Francia-Guyana) letöltendő életfogytiglani börtönre ítélték.

1899-ben perét a rennes-i katonai bíróság újratárgyalta, de nem mentette fel, hanem enyhítő körülményekre hivatkozva tíz év börtönre mérsékelte büntetését. 1899. szeptember 19-én kegyelmet kapott Émile Loubet köztársasági elnöktől, és elhagyta a börtönt.

A tömeghisztériát és antiszemita pogromhangulatot kiváltó per a 19. század legnagyobb politikai válságát okozta Franciaországban, egy évtizedre két táborra osztva társadalmát. Maga a vád onnan eredt, hogy megtalálták a párizsi német követség katonai attaséjának, Max von Schwarzkoppen ezredesnek átadott, kézzel írott listát, a „bordereau”-t, amely titkos katonai adatokat, többek közt a 120 mm-es ágyú hidraulikus fékjével kapcsolatos feljegyzéseket tartalmazott. A listát Dreyfusnak tulajdonítva ítélték el a kapitányt.

1896-ban a francia titkosszolgálat élére került Georges Picquart ezredes, majd 1897-ben Dreyfus bátyja, Mathieu is bizonyítékokat talált arra, hogy a bordereau nem Dreyfus, hanem Ferdinand Walsin-Esterházy őrnagy kézírásával készült. Picquart ezredest azonban elhallgattatták, s bár Mathieu elérte, hogy Esterházyt 1898-ban hadbíróság elé állítsák, az őrnagyot felmentették a vád alól.

Émile Zola ennek hatására jelentette meg J'accuse (Vádolom) című nyílt levelét Félix Faure köztársasági elnökhöz. A L'Aurore címoldalán megjelent írásban Zola azzal vádolta a bírákat, hogy a hadügyminisztérium utasításait követve mentették fel Esterházyt. (Zolát rágalmazásért bíróság elé állították és elítélték, ami elől az író Angliába menekült.) 1898-ban öngyilkosságot követett el az az Henry ezredes, akiről kiderült, hogy a Dreyfus elleni bizonyítékokat ő hamisította, Esterházy pedig Angliába szökött.

Ekkorra azonban már az ügy („l'Affaire”, ahogyan a korabeli francia sajtó és a történetírás azóta is utal a Dreyfus-ügyre) az egész társadalmat megosztó, központi politikai kérdéssé vált. Dreyfus kapitány ügye a royalista, militarista, nacionalista jobboldal (az "antidreyfussard"-ok) és a köztársaságpárti, szocialista, antiklerikális baloldal (a "dreyfussard"-ok) küzdelmének ütközőpontja lett, végeredményében pedig a köztársaság és a politikai baloldal megerősödését, a hadsereg és a katolikus egyház befolyásának gyengülését idézte elő Franciaországban.

-y-n